Специальный джоунин (特別上忍 Токубецу джоунин) называются ниндзя с уровнем и способностями Джоунина,

но подготовленных лишь в одной определённой области военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного Джоунина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Примерами таких Джоунинов являются Ибики Морино и Эбису.